Una delle domande più frequenti, e lecite, che sorgono prima di effettuare una qualsiasi tipologia di terapia è quali effetti collaterali essa comporti sul nostro organismo. Farà male? Ci saranno dei rischi?
Se prendessimo un foglio illustrativo di un qualsiasi medicinale (ad esempio un comunissimo antidolorifico che utilizziamo contro un semplice mal di testa) e cominciassimo a leggerne le controindicazioni, leggeremmo una lista abbastanza terrificante di effetti collaterali che il farmaco potrebbe avere: insufficienza epatica, insufficienza renale, insufficienza cardiaca, ulcera, eccetera eccetera. 
Attualmente gli studi clinici e scientifici che sono stati effettuati evidenziano che la magnetoterapia non ha effetti collaterali (o controindicazioni). Questo è molto importante perché conferma che la magnetoterapia aiuta il nostro organismo in modo naturale, anzi meglio: aiuta le cellule del nostro corpo a fare qualcosa che esse fanno già naturalmente, favorendo la rigenerazione e la vascolarizzazione dei tessuti e alleviando il dolore. 
Non si tratta certamente di un miracolo, e ovviamente bisogna dare tempo alla terapia di avere i suoi effetti. Ma è scientificamente dimostrato che la terapia a campi elettromagnetici è efficace per il trattamento di alcune patologie e del dolore e che agisce in modo naturale, cosa che non possiamo dire riguardo ai farmaci. 
Ci sono comunque alcuni casi e situazioni specifiche in cui ne viene sconsigliato l'utilizzo, vediamo quali sono:

Nei pazienti con pacemaker: in teoria il pacemaker dovrebbe essere immune ai campi magnetici con cui il nostro corpo viene a contatto, ma perché rischiare?
Nelle donne in gravidanza: ovviamente non sono stati effettuati esperimenti sugli effetti che la magnetoterapia comporta al feto.
In pazienti ipertesi e cardiopatici
Negli epilettici
Nei bambini se non previa consulto di un medico
Nelle zone tumorali
Sugli occhi
Sul seno carotideo

Tuttavia, ci tengo a sottolineare, si tratta di avvertenze e non di effetti collaterali non paragonabili a quelli che leggiamo (o non leggiamo) sul foglio illustrativo dei farmaci che assumiamo più o meno quotidianamente e spesso con troppa leggerezza.